850K甲基化芯片

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850K甲基化芯片

甲基化是指在 DNA 甲基化转移酶的作用下,在基因组 CpG 二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个甲基基团。DNA 甲基化能引起染色质结构、DNA 构象、DNA 稳定性及DNA 与蛋白 质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。

850K甲基化芯片包含>850,000个 CpGs, 分布于增强子、基因编码区、启动子区和 CpG 岛。相比较于全基因组甲基化检测,该芯片周期短、价格低,并可以接受 FFPE 样本。

检测原理

850K 甲基化芯片流程展示

探针一:

对于每个甲基化位点,都对应设计有两种探针:M 型磁珠、U 型磁珠。M 型磁珠尾部为 G,用来检测甲基化位点;U型磁珠尾部为 A,用来检测未甲基化位点。

基因组上的某一位点如果被甲基化了,那么在亚硫酸氢盐的处理下,GC 仍为 GC,与M 型磁珠配对,荧光标记的核苷酸掺入后能被检测到荧光信号,M 型磁珠发光。反之,如果没有被甲 基化,那么在亚硫酸氢盐的处理下,GC 变为 GT,与 U 型磁珠配对,延伸后U 型磁珠发光。

探针二::

Infinium Ⅱ 探针只使用一种磁珠,探针末端为 C,配对后只掺入单个碱基。根据荧光类型判断掺入的碱基类型,即可判断是否被甲基化。

芯片位点

(1)>90%的 HumanMethylation450 BeadChip 位点
(2)CpG 岛以外的 CpG 位点
(3)人类干细胞中的非 CpG 甲基化位点(CHH位点)
(4)肿瘤(多种类型的癌症)VS 正常样本中的不同甲基化位点,可以检测多种样本类型
(5)FANTOM5 增强子
(6)ENCODE 开放染色质和增强子
(7)脱氧核糖核酸酶超敏位点
(8)miRNA 启动子区域

技术优势

(1)广泛的基因组覆盖范围:每个样本检测>850,000个 CpG 位点。
(2)分辨率高:单碱基分辨率,可以直接检测到发生甲基化的确切位点。
(3)高质量的数据:同时采用 Infinium I 及 II 探针设计,使检测范围最大化。
(4)可重复性高:自身技术重复相关性R2>0.98;850K VS 450K 交集探针间相关性R2>0.98。
(5)起始模板量低:仅需250 ng,大大节约了样本量。
(6)适用于 FFPE 样品。

科学方案设计

从材料选取、探针捕获、到检测分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

信息分析

850K甲基化芯片可以进行DMP、DMR信息挖掘,并进行系列数据分析,助力高分文章发表

分析内容
1. 样本的 β 值密度曲线
2. 各样本的 β 值箱线图
3. PCA 图
4. 标准化后的甲基化位点总表
5. 差异甲基化位点(DMP)列表
6. 差异甲基化区域(DMR)列表
7. 差异甲基化位点热图 / 散点图 / 火山图
8. DMP 对应基因的 GO 和 KEGG 富集
9. DMR 对应基因的 GO 和 KEGG 富集
10. Functional Epigenetic Modules 分析
11. CNV 展示
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